تُعدّ هذه مرحلةً مثيرةً في دراسة الميكروبات المُمرضة،  إذ تُشكّل الميكروبات والعدوى متعددة الميكروبات بيئاتٍ فريدة تتفاعل فيها الميكروبات ليس فقط مع بعضها البعض،  ومن المتوقع أن تُضيف أدواتٌ مثل التحليلات الميتاجينومية والميتاترانسكريبتومية،  ليس فقط حول الكائنات الحية الموجودة في الأغشية الحيوية متعددة الميكروبات في المُضيف،  هناك العديد من التطورات المُثيرة للاهتمام.