رغم ما مرت به الفلبين إلا أن شعلة الإيمان متوهجة فالمجاهدون يسيطرون على[25]جميع المناطق الإسلامية ما عدا بعض المدن.  وسارعت بعض الدول العربية بتقديم المساعدات التعليمية للمسلمين في الفلبين مثل: مركز الملك فيصل للدراسات العربية والإسلامية ضمن جامعة مندناو.  وعلى الرغم من وجود هذه المراكز التعليمية التي تعمل على نشر الإسلام إلا أنه لا يزال الجهاد الإسلامي يواجه الدوائر الثلاث: الجيش الصليبي الفلبيني الحكومي والعناصر المتعصبة ضد الإسلام والمسلمين من المستوطنين في بلاد المسلمين والشيوعيين الذين يتظاهرون بالعطف مع المسلمين لينقضوا عليهم بالإضافة لمراوغة الحكومة وأساليبها التي لم تتغير. وما زالت الحركات الإسلامية مستمرة في جهادها ضد الصليبيين ومن أشهرها: جبهة تحرير مورو الوطنية،  جماعة أبو سياف. وعلى الرغم من وجود المراكز الإسلامية والحركات الإسلامية المستمرة في الجهاد إلا أن الفلبين مازالت تعاني من العديد من المشكلات منها:
  وكان من نتيجة هذه الصدمات حتى الآن تهجير قرابة مليوني مسلم فلبيني إلى ولاية صباح الماليزية المجاورة.