أصفهان بينما عين أخوه محمود سلطاناً في بغداد،  ورغم هذا فقد تحدد الصراع بينهما وانتهى لصالح بركياروق أيضاً وكان هذا يعتمد على النظامية أتباع الوزير نظام الملك وتمكن من دخول بغداد عام ٤٨٧ هـ / ۱۰۹٤ م،  واعترف به الخليفة المفتدى بالله سلطاناً،  وخلال حكمه تمكن بركياروق من إحكام قبضته على الجبهة الداخلية خاصة بعد أن قضى على تمرد خاله إسماعيل بن يافوت في أذربيجان،  وكذلك تمكن من هزيمة عمه تتش والي بلاد الشام وقتل في معركة قرب الري عام ٤٨٨ هـ / ١٠٩٥ م (٦٠) ،  فقد ثار محمد بن ملكشاه في أذربيجان ضد أخيه بركياروق ونجح في هزيمته وأعلن محمد نفسه سلطاناً في همذان (٦١) ،  فأرسلت إليه الخلافة تأييداً في عام ٤٩٢ هـ / ۱۰۹۹م،  وهكذا أصبح للدولة السلجوقية حاكمان في نفس الوقت،  وكثرت بينهما الحروب وانتشر الفساد والاضطراب في الدولة وصارت الأموال منهوبة والدماء مسفوكة والبلاد مخربة والسلطنة مطموع فيها .  الأمر الذي دفعهما لأن يوقعا بينهما اتفاقاً في عام ٤٩٧ هـ / ١١٠٣ م نص ينهما انتهـ على أن تكون الأقاليم الشمالية - أذربيجان - ارمينية - اصفهان - العراق - من نصيب محمد،  وبلاد الشام بيد أبناء أخيه تتش وآسيا الصغرى بيد أبناء سليمان بن قتلمش،