كان السلطان الأيوبي، على الرغم من سلطته المطلقة على مصر، يطلب من الخليفة العباسي تفويضًا ليجعل حكمه شرعيًا. كان صلاح الدين أول من اتخذ لقب السلطنة في مصر، وحصل على لقب "سلطان" و "محي دولة أمير المؤمنين" لأعماله في نشر المذهب السني والقضاء على الإسماعيليين ومقاومة الصليبيين. استخدم صلاح الدين لقب "الملك الناصر" في التعامل، رغم امتلاكه ألقابًا أخرى مثل "السيد العالم العادل" و "سلطان الإسلام والمسلمين".

كان السلطان يقيم في قلعة الجبل مع أسرته وحاشيته، وكان رئيس الدولة الذي يتحكم في الأمراء، الإقطاعات، وظائف الدولة، وقادة الجيش. كان للدولة الأيوبية مجلس شورى، "مجلس السلطنة"، يشمل كبار موظفي الدولة، وكانت تدار من خلاله قرارات مهمة مثل إعلان الحرب أو إبرام السلام.

كان منصب "نيابة السلطنة" وظيفة جديدة استحدثها الأيوبيون، والتي ظلت قائمة حتى عصر المماليك. كان النائب بمثابة "سلطان ثاني"، مشاركًا السلطان في منح ألقاب الإمارة، توزيع الإقطاعات، وتعيين الموظفين. 

استحدث الأيوبيون أيضًا منصب الوزير، الذي كان أعلى منصب في الدولة. تمتع الوزير بسلطة مطلقة، وكان "باب الملك" و "لسانه" و "يده المعطاءة". 

كانت هناك وظائف سامية أخرى في الدولة الأيوبية، مثل: الحاجب (إدخال الناس على السلطان)، الاستادار (إدارة البيوت السلطانية)، الداودار (إبلاغ الرسائل للسلطان)، والناظر الخاص (الشؤون المالية للسلطان).

اعتبرت الدولة الأيوبية جميع الأقاليم متساوية في التبعية، وكان أفراد الأسرة الأيوبية فقط هم من يشغلون منصب الوالي. 

كان الجهاز الإداري للدولة الأيوبية يعتمد على دواوين، مثل: ديوان الجيش، ديوان الأسطول، ديوان المالية، ديوان الإنشاء، وديوان الأحباس.