تَزوّجَ الشَّيخُ شخبوط ورُزِقَ من الْأَوْلادِ باثنين؛  هُما : الشيخ زايد بن خليفةَ الْأَوْلِ،  الَّذِي تَولَّى حُكْمَ إِمارة أبوظبي منذ 1855 إلى 1909م،  والثاني هو الشَّيْخُ ذياب بن خليفة آل نهيان.  وقد ذكر العقيد (أي بي كامبل) في حديثه عن الشيخ خليفة بن شخبوط في تقرير عن قبيلة بني ياس أَنّ الشَّيخ خليفة بقيَ مُنذُ يوم توليهِ الْحُكْمَ إِلى وفاتِهِ عَلى رَأْسِ القبيلة،  واستطاع بحزمه وبسالته وحكمته أن يرتقي بها ؛  لِتُصْبِحَ إحدى أقوى المجموعات البرية والساحلية في الخليج،  إضافةً إلى ذلك كان يُبدي دائمًا مَيْلاً للسعي إلى التفاهم التام مع الحكومة البريطانية، لإبعادِ شَعْبِه ورعاياه عن ارتكاب أية أعمال غير قانونية في البحارِ وَنَجَحَ في ذلك.