Les agents infectieux, omniprésents dans notre environnement, sont des germes qui peuvent être présents sur notre peau, nos muqueuses et dans l'air, l'eau, les aliments, etc. Leur capacité à provoquer des maladies dépend de leur virulence, du nombre de germes présents et des défenses de l'organisme. L'interaction entre l'hôte et les bactéries détermine la survenue de la maladie.

On distingue plusieurs types d'agents infectieux, dont les bactéries, les virus, les champignons et les agents transmissibles non conventionnels (ATNC). Les bactéries, des organismes unicellulaires sans noyau différencié, se présentent sous diverses formes : sphérique, allongée, incurvée, spiralée, irrégulière ou ramifiée. Leur capacité d'adaptation et de multiplication rapide, avec une reproduction par division en 20 à 30 minutes, leur permet de coloniser des habitats variés. Elles ont besoin d'humidité, d'une température entre +6 et +60°C et d'un milieu nutritif pour se reproduire. 

Les bactéries peuvent être aérobies (nécessitant de l'oxygène) ou anaérobies (se développant sans oxygène). Elles peuvent également être commensales (vivant en harmonie avec l'hôte), saprophytes (se nourrissant de matière organique morte) ou pathogènes (causant des maladies).