قوم القسم بتعريف وحصر السلالات الفسيولوجية المسببة لأمراض القمح الرئيسية (مثل الأصداء والبياض الدقيقي) في جميع محافظات مصر،  ويدرس صفة المقاومة الجزئية والمستدامة لأصداء القمح.  إدارة الأمراض الكيميائية والحيوية: يُقيّم القسم المبيدات الفطرية الجهازية لمكافحة أمراض القمح،  الحجر الزراعي: كما يقوم القسم بفحص شحنات القمح المستوردة للتأكد من خلوها من أي أمراض حجرية قبل دخولها الأراضي المصرية،