Les germes etaient les responsables essentiels de la mortalite elevee dans les hopitaux.Certaines notions d'hygiene et de contagiosite etaient connues ( mise en quarantaine, emploi d'essences balsamiques, masques protegeant le medecin en visite chez les pestiferes)
Cependant ces notions etaient souvent mal comprises et mal enseignees.