تتواجد بعض الشوائب في المياه بشكل طبيعي،  وذلك بسبب ذوبان وتآكل جزء من مكونات الصخور عند تلامسها مع المياه،  لذلك يزداد محتوى المياه الجوفية من المعادن الذائبة،  لذلك يتم تصنيف المياه الجوفية على أنها مياه ملوثة وغير صالحة للشرب عند زيادة كمية المعادن الذائبة،  أو عند احتواء المياه على مواد كيميائية مصنّعة،  وقد تتسبب زيادة بعض المعادن مثل الحديد والمنغنيز والكبريتات ببعض الآثار السلبية،  وقد ترتفع نسبة الكبريتات في المياه الجوفية للمناطق التي يتواجد فيها الفحم والغاز الطبيعي،  كما يمكن أن تحتوي المياه الجوفية على بكتيريا انتقلت إليها من التربة،