دليل على أن الجزء الأدنى من نهر النيل قد تم تقويضه أيضًا استجابة لتراجع مستوى سطح البحر الذي أثر على دلتا.  حوالي 5500 قبل الميلاد،  حل محل الصيادين وجامعي الثمار الموجودين حول البحيرة السجل الجيولوجي لوادي النيل في أقصى الجنوب.  أدت فترة كبيرة من تعديل النهر إلى حوالي خمسمائة عام من ترسيخ السهول الفيضية (حوالي 9500 قبل الميلاد)،  كان هناك عدد أقل بكثير من المواقع في الوادي،  بالإضافة إلى الصيد وجمع الثمار.  بدأت الأدلة على الزراعة والرعي في الوادي الرئيسي في مصر خلال الألفية الخامسة قبل الميلاد فقط. م. مع التحيز الأثري للسجل المعتمد على مواقع تقتصر على هامش السهول الفيضية والممثلة بشكل كبير بالمقابر بدلاً من مواقع السكن،