بدأ الاحتلال البرتغالي للمنطقة عامة مع ظهور عصر الاستكشاف الذي كانت يهدف للوصول إلى الهند من دون المرور بطريق التجارة القديم الذي كان يعبر المناطق الإسلامية ومن ثم إلى البندقية التي كانت تعتبر المتنفس التجاري لأوروبا في تلك العصور ففي سنة 1518، كان البرتغاليون أول القادمين عندما جاؤوا بقيادة ألبوكيرك واحتلوا هرمز أقاموا فيها وحصنوها قبل أن ينطلقوا منها لاحتلال الشاطئ الغربي حتى البصرة.  لم يكترث الشاه إسماعيل الصفوي اكتراثاً كبيراً بوصول البرتغاليين إلى منطقة الخليج العربي على الرغم من مصالحه الكبيرة هناك باعتباره صاحب السيادة الأسمية على هرمز المسيطرة إدارياً على أغلب سواحل الخليج وجزره حينئذ. ولعل ذلك يعود لانشغاله بمشروعه التوسعي الإقليمي، ولكن ألبوكيرك عبر في رسالة بعثها لملك إسبانيا عن أهمية التحالف مع الشاه في مواجهة العثمانيين. بنى البرتغاليون في جلفار مكتب جمركي لفرض رسوم على السفن التي تتاجر مع الهند والشرق الأدنى ومنذ عام 1507م، تمكّن البرتغاليون من تشديد الخناق على تجارة عمان البحرية، حين سيطروا على عدة موانئ ومدن تجارية هامة في الخليج وتشمل جلفار وخصب، بالإضافة إلى المدن الساحلية الواقعة بين رأس الحد وشبه جزيرة مسندم. استعمل البرتغاليون جلفار كقاعدة عسكرية ليشنوا هجومهم على هرمز إلا أن الشاه عباس الصفوي (996-1038هـ) حاربهم وكذلك فإن الإمام ناصر بن مرشد العماني (1034-1059) هاجم البرتغاليين في جلفار واضطروا لترك المدينة. بدأ الركود الاقتصادي يخيم على مملكة هرمز وانتهى ذاك العمران والرخاء الشامل بعد أن عاش سكان هرمز في ظلاله أكثر من قرنين من الزمان، وظل البرتغاليون في المنطقة قرابة قرنين من الزمان دون منافسة خاصة في المحيط الهندي. وقد يكون هذا السبب في هجرة القواسم لجلفار.