محدودية التأثير: المشروع يعالج مشكلة التلوث على نطاق صغير جدًا وموضعي.  لا يمكنه مواجهة التحديات البيئية الكبرى مثل التلوث النفطي، الحاجة إلى صيانة مستمرة: على الرغم من أن فكرة المشروع بسيطة،  إلا أن تطبيقه على نطاق واسع يتطلب مراقبة دورية وصيانة.  يجب التأكد من أن الأصداف لم تتضرر وأن المرجان ينمو بشكل صحي،  مما يتطلب موارد وجهدًا مستمرين. التعامل مع التحديات البيولوجية: نمو المرجان عملية معقدة وحساسة.  قد تفشل بعض المحاولات في زراعته بسبب الأمراض،