تولّى الْحُكمَ في الإمارةِ بعدَ وَفاةِ أَخيـهِ الشَّيْخِ طحنونَ بنِ شخبوط آل نهيانَ سنةَ ( 1833 م)،  واستمرَّتْ فترَةُ حُكمِـهِ اثْني عَشَرَ عامًا،  وعلى خلافِ ما ذكرَتْـهُ الْعديدُ من الْمَصادِرِ عن وجودِ صِراعٍ على السُّلْطَـةِ بَيْنَـهُ وَبينَ شقيقِـهِ الشّيخِ سُلْطانَ ثُمّ انْفرادِهِ في الْحُكمِ،  فَإِنَّ التّقاريرَ الإنجليزِيَّةَ الرَّسْميَّةَ عن أَحداثِ الْمَنطقةِ خلالَ الفترةِ نفسِها أَكَّدَتْ أَنَّ الشَّيخَ خليفـةَ اسْتَطاعَ خلالَ فترةِ حُكْمِـهِ وبِمساعدَةِ والِدِهِ شخبوط بنِ ذيابٍ وَأَخيــهِ سُلطانَ بن شخبوط أَنْ يحافِظَ على استقرارِ إمارَةِ أَبوظبي اقْتصاديًّا وَعسكريًّا.