تفتقر المشكلة البحثية للمشروع إلى الوضوح بسبب تعدد الأهداف الاستراتيجية وعدم تحديد علاقتها المباشرة بموضوع المشروع، مما يجعل مسار البحث ومنهجيته غامضين. كما أن الفكرة التنموية للمشروع تفتقر إلى الإبداع والتميز، ولا تعد واعدة اقتصاديًا، مع وجود شكوك حول حيز تنفيذها. الأهداف والمخرجات المستهدفة كثيرة للغاية وغير متسقة، مما يؤدي إلى عدم اتساق بين التخصيص المالي واحتياجات المشروع الفعلية. ويعود ذلك لعدم انعكاس أولويات الأهداف الاستراتيجية في توزيع الموارد المالية، وحجم الميزانية الذي لا يتناسب مع الأنشطة والمخرجات المتوقعة، ووجود نفقات في مجالات غير مباشرة.

رغم جاهزية التحالف التكنولوجية والمعرفية، إلا أنه غير متجانس نسبيًا ويعاني من عدم تكامل الشركاء بشكل كامل. هناك صعوبة في تحقيق بعض خطوات التنفيذ الطموحة مثل العدد الكبير من براءات الاختراع والشركات الناشئة، وتحتاج آليات المتابعة والتقييم إلى مزيد من الوضوح. الميزانية المفصلة مبالغ فيها، وبالرغم من وضوح توزيع بنودها المالية على المدى القصير والمتوسط، إلا أن هناك غياب لتحديد دقيق لمصادر التمويل البديلة واستراتيجية مالية طويلة الأمد لضمان استمرارية المشروع. كما أن توضيح تحويل المخرجات لنماذج اقتصادية مستدامة غير كافٍ ويحتاج لمزيد من الدراسة. كل ذلك يجعل المخرجات المستهدفة، مثل براءات الاختراع والشركات الناشئة، غير قابلة للقياس والالتزام بتحقيقها.