من ضمنها تفسير معنى الخلافة في الأرض. يُوضح الطوسي في كتابه أن الفهم الصحيح لآية الخلافة في القرآن،  لا يعني أن الإنسان هو "خليفة لله" بمعنى أن الإنسان يتخذ مكانًا لله في إدارة الكون.  بمعنى أنه يُسند إليه دور التعمير والقيام بالمسؤوليات التي تحققت بسبب إرادة الله وليس نيابة عن الله ذاته.  هو أنهم فهموا كلمة "خليفة" على أنها تعني "بديل" لله أو "نائب" مطلق،  فالإنسان في هذه الفكرة ليس هو الذي يحل محل الله أو يؤدي مهام الله على الأرض؛  وليس غيابًا لله في إدارة الكون أو استبداله في مهام الربوبية.  يتم تناول مسألة الخلافة في الأرض بشكل يتناقض مع بعض المفاهيم الشائعة التي تروج لفكرة أن الإنسان هو "خليفة لله" في الأرض.  الطوسي يُبَيِّن أن هذا الفهم غير دقيق،  إذ أن "الخليفة" في القرآن لا تعني أن الإنسان يحل محل الله أو يؤدي مهام الربوبية في الأرض. الشيخ الطوسي يوضح أن الخلافة في هذا السياق تعني أن الإنسان هو مستخلف من الله،  أي أنه تم تكليفه من قبل الله تعالى بإعمار الأرض والقيام بمهام معينة وفقًا لإرادة الله.  وهي مهام تقتصر على إدارة شؤون الأرض بما يتماشى مع مشيئة الله. الطوسي ينبه إلى أن استخدام مفهوم الخلافة في سياق القرآن يجب أن يفهم على أنه تكليف من الله وليس بديلاً له،  وأن الإنسان لا يملك القدرة على إدارة الكون بشكل مستقل أو خارج إطار التوجيه الإلهي.  حيث يتم التأكيد على أن الله هو المالك الوحيد والوحيد القادر على إدارة الكون.  يُعتبر القول بأن الإنسان "خليفة لله" في الأرض من المفاهيم التي تخلط بين التوحيد والخلافة،