يرى العديد من الباحثين أن الدافع الديني كان المحرك الرئيسي للاستشراق، حيث كان أغلب المستشرقين من رجال الدين (قساوسة، رهبان، باباوات) سعوا لنشر أكاذيب وافتراءات عن الإسلام ونبيه. مثال ذلك كتابات يوحنا الدمشقي (الذي اعتبر الإسلام هرطقة) وبطرس المبجل (الذي سعى لتدمير الإسلام بدراسته وترجم القرآن للغة اللاتينية). كما انتشرت حكايات خيالية تصور المسلمين على أنهم عبدة أصنام أو يعبدون آلهة مثل "تيرفاجان" و"محمد أبواللو"، بهدف منع انتشار الإسلام وإقناعه بأنه دين مستلهم من اليهودية والنصرانية، وذلك ضمن محاولات تنصير المسلمين. وعززت الحروب الصليبية، التي امتدت لقرنين وانتهت بالفشل، هذا الدافع، فدفع بعض الباحثين الكنسيين، كروبر بيكون، إلى الدعوة لدراسة القرآن واللغة العربية لتحويل المسلمين إلى المسيحية سلميًا.