يتماثل تخطيط القاعتين المستطيلتين، وهما من أقدم أجزاء المعبد، ويعودان لعهد بطليموس السادس. صُممت أرضيتهما أعلى وسقفيهما منخفضان لإضفاء الرهبة وإضاءة خافتة للمكان الذي يحفظ رمز الإله الرئيسي. استُخدمت كلابات معدنية لربط جدرانهما، وكانت قاعدة جرانيتية شرقية مخصصة لوضع محفة مومياء الإله سوبك وتمثال الإله حورس الكبير. خُصصت سبع حجرات خلفهما لتخزين تماثيل وصور الإلهين، بينما كانت الحجرات خلف القاعدة لإقامة الكهنة، وربما كبير الكهنة لإصدار أوامر الإله.

يحيط بالمعبد ممران متوازيان، خارجي وداخلي. الممر الخارجي يضم "لوحة الطبيب" و"لوحة تراجان" التي تُبرز ازدواجية سوبك وحورس ووجود الإله مين، وهي محفوظة بالمتحف المصري. الممر الداخلي، الذي بُني في عصر تيبريوس، يُوصل إليه من قاعة الأعمدة الكبرى. حجراته السبع تعود لبطليموس الثاني عشر وتُرممت في عهد تيبريوس، إحداها تضم سلمًا لسطح المعبد. يظهر على حائطه الجنوبي الإمبراطور فسباسيان يقدم القرابين للآلهة سوبك وحتحور وخنسو.

يحيط بالمعبد سور من الطوب اللبن، لم يتبق منه إلا الجزء الشرقي، لحماية وفصل منطقة المعبد.

يقع بيت الولادة (الماميسي) جنوب غرب المعبد، على الضفة الشرقية للنيل، ويعود بناؤه لعهد بطليموس الثامن. يتكون من فناء وقاعة أعمدة تؤدي إلى صالتين تُجرى فيهما طقوس ولادة المعبود الرئيسي. تُظهر نقوشه الملك بطليموس الثامن وكليوباترا الثانية يقدمان القرابين لثالوث سوبك. خلفه بقايا مقصورة صغيرة أهداها كراكالا لسوبك.

تقع مقصورة الإلهة حتحور شمال شرق المعبد، مبنية بطريقة "Opus Quadratum" الرومانية. تتكون من حجرة واحدة تحوي صندوقاً زجاجياً بثلاث مومياوات تماسيح، والحجرة خالية من النقوش. الواجهة تُظهر حتحور جالسة ومنظراً لآلهة تحمل آلة موسيقية، وملكاً يقدم النبيذ. يرجع بناؤها لعصر الإمبراطور دومتيان.