سيطر الفرنسيون على مدينة القيروان في أكتوبر 1881م، بعد خطة محكمة استهدفت السيطرة على المدينة من ثلاث جهات: من زغوان، من سوسة، ومن الغرب. 
وتسببت خسارة المواقع الدفاعية في استسلام المقاومة، مما أدى إلى تشتت المقاومين. 
التحق بعضهم بعلي بن خليفة في الجنوب، بينما خضع الكثير لقوات الاحتلال. 
هاجر البعض الآخر إلى طرابلس آملاً بتدخل الدولة العثمانية، لكن آمالهم خابت. 
لم يصمد سوى علي بن خليفة وبعض أتباعه في وجه المستعمر، حتى وفاته في عام 1884م، مما أدى إلى انتهاء المقاومة وسيطرة فرنسا على المنطقة بشكل كامل.