مشكلات المياه في سلطنة عمان كثيرة حيث تواجه قطاع المياه في سلطنة عمان عدة مشكلات مثل باقي العديد من البلدان في منطقة الشرق الأوسط وشمال أفريقيا. مشكلات المياه في سلطنة عمان
 مشكلة استنزاف المياه في سلطنه عمان
 وتسبب هذه المشكلة في انخفاض شديد لمنسوب المياه الجوفية ويرجع ذلك الى كثرة عدد السكان، والآبار المحفورة واستخدام آلات الحفر المتطورة التي تصل لأعماق بعيدة في نفس الوقت الذي لم تستطع كمية الأمطار المتساقطة قادرة على تعويض الكميات المستنزفة. مشكله تملح المياه في ساحل الباطنة
 تتمركز هذه المشكلة بوضوح في سلطنة عمان في ساحل الباطنة وقرى ولاية جعلان ومناطق الشريط الساحلي لصلاله في محافظة ظفار . حيث تعد مشكلة تملح المياه عامل خطير على المحاصيل الزراعية لعدم صلاحيتها للاستخدام البشري، اهم التحديات التي تواجه المياه في سلطنة عمان
 شح المياه وارتفاع استعمال المياه في القطاع المنزلي
 وعدم تقدير مبادئ الإدارة المتكاملة المائة من قبل صانعي القرار. شح المياه
 وهي من المشاكل الخاصة بمصادر المياه داخل سلطنة عمان حيث يسبب الاستهلاك الضخم للمياه
 كما سبب استعمال المياه الجوفية لأغراض الري للمحاصيل الزراعية المنخفضة القيمة إلى هدر الموارد غير المتجددة والمتجددة. ومن ضمن التطورات الإيجابية في قطاع الزراعة في عمان استخدام مياه الصرف الصحي المعالجة للزراعة، 3مليون متر مكعب/اليوم. وبالرغم من نجاح التطورات الحديثة التكنولوجيا في الحد من متطلبات الطاقة، خاصة في العمليات القائمة على الأغشية ،  والتي تسيطر على السوق العمانية في الوقت الحالي، ويتم بشكل متزايد اعتماد الأساليب الموفرة للطاقة في تحلية المياه، ومن من ضمن اسباب انخفاض منسوب المياه ايضا الاستهلاك المرتفع للمياه للقطاع الزراعي حيث بلغ استهلاك المياه من 1. 269مليون متر مكعب في عام 2011. وذلك عن طريق الالتزام بسياسة التوصيات الموضحة،