لم تزل فاطمة تفكر في أمر إنفاق المال الوفير حتى انتهت إلى العزم على بناء مسجد يكون صدقة جارية لها بعد موتها،  عمدت فاطمة إلى مسجد القرويين فأعادت بناءه في عهد دولة الأدارسة، ومن بين ما ترويه كتب التاريخ عن فاطمة انها عقدت العزم على ألا تأخذ ترابًا أو مواد بناء من غير الأرض التي اشترتها بحر مالها،  وطلبت من عمال البناء أن يحفروا حتى أعماق الأرض يستخرجون من أعماقها الرمل الأصفر الجديد والأحجار والجص ليستخدموه في البناء.  ثم عمدت بعد ذلك إلى حفر بناء أساس وجدران المسجد وقامت بنفسها بالاشراف عليه،  لما اتصفت به من مهارة وحذق؛ وقال عنها عبد الرحمن ابن خلدون «فكأنما نبهت عزائم الملوك بعدها».  ولا زال جامع القرويين إلى جوار جامع الأندلس الذي بنته شقيقتها مريم الفهرية يؤديان دورًا رائدًا في نشر الإسلام والعلوم في المغرب ثم نحو أوروبا.  وأصبح جامع القرويين الشهير أول معهد ديني وأكبر كلية عربية في بلاد المغرب الأقصى.  وبذلك كانت فاطمة بنت محمد الفهري القيرواني هي مؤسسة أول جامعة في العالم وهي جامعة القرويين، وكان تصميم القرويين مربعًا على نحو ما عرف في معظم المساجد الأولى إلا أن تربيعه لم يكن تامًا،  ويذكر الشيخ محمد المنتصر بالله الكتاني في كتابه «فاس عاصمة الأدارسة» أنه "وعلى مر الدهور والأعوام تنافس الملوك والدول في توسيع بنائه ورصد الأموال للقيام به،  فزاد فيه أيام الدولة الزناتية أميرُها أحمد بن أبي بكر من خمس الغنائم عام 345،  وزاد فيه أيام الدولة المرابطية علي بن يوسف بن تاشفين،  أيام دولة الموحدين ودولة المرينيين.  إلى أيام دولتنا العلوية الحاضرة ".  وسَرَتْ أوقافها الزائدة حتى المسجد الأقصى بالقدس،  وحتى الحرميْن الشريفين في مكة المكرمة والمدينة المنورة.