بعد توقيع اتفاق السلام بين الأردن وإسرائيل عام 1994،  وفي عام 2002 كشفت الحكومتان الأردنية والإسرائيلية في مؤتمر قمة الأرض للبيئة والتنمية الذي عقد في جوهانسبورغ بجنوب أفريقيا عن مشروع " قناة البحرين". وقوبل المشروع وقتها بغضب ورفض من الدول العربية والدول المشاطئة للبحر الميت،  بحجة أنه ينطوي على أبعاد تهدد المصالح الفلسطينية والعربية السياسية والاقتصادية والبيئية. المراحل
يتضمن المشروع  مدّ أربعة أنابيب بين البحرين يصل طولها إلى 180 كيلومترا،  وتنقل مئة مليون متر مكعب من المياه سنويا من البحر الأحمر إلى البحر الميت لإنقاذ الأخير من الجفاف بحلول عام 2050، يشمل المشروع في مرحلته الأولى إنشاء قناة تنقل مياه البحر الأحمر إلى البحر الميت،  حيث ينقل نحو ملياري متر مكعب من المياه وبكلفة قد تصل إلى ملياري دولار في هذه المرحلة.  ويقول إن الغاية منه هو الحفاظ على مياه البحر الميت الذي يتعرض لعوامل تهدد مستقبل بقائه،  إضافة إلى أنه سيساعد في إقامة مشاريع اقتصادية وسياحية في المناطق الصحراوية القاحلة التي ستمر بها القناة.  لأسباب عدة منها ما يتعلق بالتطبيع مع الدول العربية وبكونه خطوة أولى نحو شق قناة تربط البحر الميت بـ البحر الأبيض المتوسط،  وسيعمل على توفير 850 مليون متر مكعب سنويا من المياه المحلاة للأردن وفلسطين وإسرائيل.  هناك مخاوف سياسية واقتصادية وبيئية من مشروع قناة البحرين،  إذ يخشى المعارضون من أن يتحول هذا المشروع في المستقبل إلى قناة تربط بين البحرين الأبيض والأحمر عبر البحر الميت،  ما سيؤدي إلى التأثير سلبا في الاقتصاد المصري من خلال استهداف موارد القناة التي تعتمد عليها البلاد في دخلها القومي. كما يخشون من أن يشكل المشروع خرقا لكل آليات مقاطعة التطبيع مع إسرائيل على المستوى العربي،  وتقود إلى اندماج إسرائيل بالاقتصاد العربي.  يقول معارضون إن مشروع "قناة البحرين" يرتبط بالأهداف القومية الإسرائيلية المتعلقة بتطوير وتعمير صحراء النقب،  وأن عليهم الاعتماد على تحلية المياه أو شراءها من إسرائيل.