مع تقدم البحث في استخدام السموم الفطرية لمكافحة أمراض النبات،  يحمل المستقبل آفاقًا واعدة وتحديات كبيرة.  إن إمكانية الاستفادة من المستقلبات الفطرية المحددة - مثل السموم الفطرية - يمكن أن تحدث ثورة في الإدارة المتكاملة للآفات من خلال توفير بدائل صديقة للبيئة للمبيدات الحشرية الاصطناعية.  قد يعزز تطبيقها في الزراعة المقاومة ضد مسببات الأمراض،  بما في ذلك التباين في إنتاج السموم بين سلالات الفطريات والظروف البيئية التي يمكن أن تؤثر على الفعالية.  يجب معالجة المخاوف المتعلقة بسمية هذه المركبات للكائنات غير المستهدفة وصحة الإنسان بشكل صارم لضمان الاستخدام الآمن.  في حين أن مستقبل السموم الفطرية كأدوات لمكافحة أمراض النبات واعد،