تواجه الدبلوماسية البرلمانية المغربية عددا من العراقيل التي تمنعها من الوصول إلى نفس مستوى الإنجاز الذي تتمتع به الدبلوماسية الرسمية. يسجل متتبعو الشأن البرلماني ضعف إمكانيات البرلمان في ممارسة العمل الدبلوماسي باحترافية وعدم قدرته على التصدي للتحركات المعادية للوحدة الترابية. يربطون ذلك بغياب مؤهلات لدى البرلمانيين، فالنّشاط الدبلوماسي يتطلب الكفاءة والتجربة والتكوين الجيد في اللغات الحية. يعتبر المتابعون أن مواصفات الدبلوماسي الناجح غائبة لدى أغلبية أعضاء البرلمان. تركز الفرق البرلمانية على الانتخابات التشريعية وهاجس المقاعد دون الاكتراث بانتقاء النخب المؤهلة، بالإضافة إلى غياب معايير موضوعية لانتخاب رؤساء اللجان البرلمانية. يخضع هذا الانتخاب لترتيبات مسبقة تؤدي إلى اختيار من يتوفر على نفوذ أكبر بدلاً من المؤهلات، خاصة في اللجان ذات العلاقة بالدبلوماسية. بالإضافة إلى العوائق الذاتية، توجد عوائق موضوعية تشمل: غياب التنسيق بين مجلسي البرلمان في مجال العمل الدبلوماسي، وطغيان هاجس التنافس بدل التعاون، مما يؤدي إلى تشتت الجهود واختلاف المقاربات، واختلاف الخطاب السياسي. من بين العوائق كذلك، غياب أجندة محكمة للعمل الدبلوماسي البرلماني بتنسيق مع وزارة الخارجية. يؤدي غياب التنسيق المسبق لبرمجة الأنشطة البرلمانية في الخارج إلى عدم إعطاء الأولوية للدول التي تحتاج العلاقات معها إلى دعم حقيقي. بالإضافة إلى ذلك، لا تحدد أهداف كل مأمورية إلى الخارج بدقة، ولا يتم انتقاء المشاركين بناء على معايير موضوعية. لا تراعى المؤهلات اللغوية، ولا يلزم المشاركون بإعداد تقارير عن مهماتهم في الخارج، مما لا يسمح بتراكم التجارب في المجال الدبلوماسي وضمان الاستمرارية. كما أن أغلب اللجان البرلمانية المشتركة مع برلمانات دول إفريقية غير مفعلة، لأن جل البرلمانيين يفضلون السفريات نحو الدول الغربية أو أمريكا اللاتينية تحت غطاء “الديبلوماسية البرلمانية”. لمواجهة هذه الاختلالات، تم إطلاق برنامج التعاون في المجال الدبلوماسي بين وزارة الشؤون الخارجية ومجلسي البرلمان.