تتركز رؤية القسم على تطوير تقنيات متقدمة للتشخيص المبكر والدقيق للأمراض البكتيرية النباتية،  بالاستفادة من أحدث التقنيات المتاحة.  كما يتطلع القسم إلى إصدار توصيات للمكافحة المتكاملة للأمراض البكتيرية،