يعد معهد أمراض الجهاز الهضمي في مركز شيبا الطبي هو الأكبر في دولة إسرائيل.  يتم إجراء جميع أنواع العمليات الجراحية بالمنظار في المعهد وتكون معدات المنظار حديثة وحديثة.  تم إنشاء معهد الجهاز الهضمي لضمان الأداء الأمثل وتحقيق أقصى قدر من الخصوصية والراحة للمريض.  يمتلك كل مريض يخضع لعملية جراحية بالمنظار جهازًا شخصيًا يسمح له بالاستعداد للاختبار والتعافي منه مع الحفاظ على الخصوصية الكاملة.   يضم معهد الجهاز الهضمي أيضًا مختبرًا للجهاز الهضمي والذي،  يقوم أيضًا بإجراء اختبارات وتشخيصات مختلفة في عدة مجالات للمساعدة في تشخيص أمراض الجهاز الهضمي وأمراض الكبد وأمراض الجهاز الهضمي المختلفة.