تُعاني نظرية التعلم بالاكتشاف من انتقادات، إذ يشكك البعض في فعاليتها الشاملة،  ويرون صعوبة تطبيقها على جميع المواضيع وعدم ملاءمتها كمنهج أساسي.  يُضيف النقاد أن  محدودية وقت الحصة الدراسية تعيق تطبيقها، خاصةً مع الطلاب ذوي المستوى المتدني الذين قد يعجزون عن الاكتشاف الذاتي.  كما يتطلب المعلم إلمامًا كاملاً بالمادة الدراسية وجاهزيةً للرد على جميع أسئلة الطلاب.