تم انشائه بالشكل المعماري الفاطمي المملوكي كان يصل به عدد المصلين ل 20000مصلي . اتخذه معهدا تعليميا لتعليم المذهب الشيعيى و سمي بالازهر تيمننا بفاطمه الزهراء ابنه محمد النبي صل الله عليه وسلم و يعتبر ثاني اقدم جامعه قائمه بشكل مسمر بعد جامعه القرويين ورغم ان جامع عمرو بن العاص في الفسطاط سبقه في وظيفه التدري . الا انه جامع الازهر يعد الاول في مصر في تأديه المدارس والمعاهد التنظيميه ,  كان الجامع يحتوي على محل مسقوف يسمى المقصوره كما بناها جوهر صقلي وتنقسم الى قسمين المقصوره الاصليه الكبيره التى انشأها وتتكون من 76عمودا من المرمر الابيض والمقصوره الجديده قام بانشائها الامير عبد الرحمن كتخدا وتتكون من50عمودا من الرخام و كان بالمسجد 10محاريب ولم يبقى منهم سوى 6 محاريب وللجامع 9 ابواب اشهرها باب المزينين وفي عهد الحاكم امر ببعض البنايات بلجامع واضافه بعض النقوش والزخارف وانشاء محرابا خشبيا جديدا متنقلا في العهد الايوبي نقل صلاح الدين الايوبي من محراب الجامع الازهر المنطقه الفضيه التى وزنها حوالي خمسه الاف درهم نقره وتم ازاله ماحوله من بيوت ومباني على يد محتسب القاهره عام 1193م وظل الازهر مركزا لتدريس فقه اللغه العربيه. في عهد المماليك البحريه كان السلطان بيببرس فقد قام بتعمير الجامع الازهر وعمل على منبرا جديدا واتم تجديده وفي عهد المماليك الشراكسه وضع الامير الطواشي بهارد حجرا رخاميا على الباب الكبير نقش عليه وفي عهد السلطان قلاوون عام 1340 بني الأمير علاء الدين أقبغا عبدالواحد الذي كان استادارا المدرسة الأقبغاوية التي "مكانها الآن مكتبة الجامع الأزهر" والتي تعتبر مبني ملحقاً بالجامع الأزهر مقابلاً للمدرسة الطيبرسية؛ سنة 1302 هدمت بعض أجزاء من الجامع نتيجة لتعرضه لزلزال اجتاح مصر فأمر الأمير ( سلار) من دولة المماليك البحرية بإعادة بناء هذا هذا الجامع الشريف وعمارته بالزخازف الجصية علي الطراز الأندلسي ،  وفي عام 1361 أزيلت من الجامع كحركة توسعية له بعض المقاصير والصناديق والخزائن التي كانت تزحم الجامع فتوسع من الداخل وأنشئ به سبيل وكتاب علي الباب القبلي.  في عام 1359 أمر السلطان الحسن الأمير طلي جدران الجامع الأزهر باللون الأبيض وبني خزاناً للمياه وسبيلاً ،  وبني فوق الجامع حجرة للأيتام الذين يتعلمون القرآن ومطبخاً . وفي عام 1340 بنيت ميضأة جديدة في عام 1446 لمعت أعمدة الجامع الأزهر وجددت ودهنت جدرانه وفي عام 1496 بني السلطان " قايتباي" بوابة بين المدرسة الطيبرسية والاقبغاوية عند نهاية مدخل الجامع ،  وفي عام 1753 أنشأ الأمير عبدالرحمن كتخدا المقصورة الجديدة بالجامع الأزهروتتكون من خمسين عموداً من الرخام خلف المحراب القديم  واتسع في عهده الجامع النصف، وخلال العصر العثماني فقد تمت إضافات للجامع الأزهر حيث أنشأ الوزير أحمد باشا مزولتين من الرخام للجامع واحدة علي الوجهة الغربية للصحن والأخري كانت علي سطح المسجد وفي عام 1735 أنشئت زاوية للعميان ليتدرسوا بها وأنشأها الأمير عبدالرحمن كتخدا خارج الجامع وبها محراب ومضيأة ومغطس وكانت قاصرة علي العميان ولكن هدمت تلك الزاوية. كما قام عبدالرحمن كتخدا بإنشاء ثلاث بوابات للجامع باب المزينين والصعايدة،  لمضاعفة مساحة قاعة الصلاة الإجمالية-ودفن كتخدا في الأزهر في عام 1776،