La pathologie de la souris étudie les maladies affectant les souris,  tant en laboratoire (modèles animaux pour le cancer, maladies cardiovasculaires, immunitaires et infectieuses) qu'en milieu naturel.  Cette discipline analyse les mécanismes des maladies, leurs symptômes, leur impact biologique et les implications pour la santé humaine et animale.  L'étude de la pathologie murine est essentielle pour assurer la fiabilité des recherches biomédicales en évitant les biais liés aux infections ou aux conditions environnementales.