عود الأسباب الكامنة وراء تكوين هذه الهيكلية غير المنسجمة،  إلى مجموعة عوامل محددة أبرزها:
 1. **ترك تفسير العديد من الآيات**: أحيانًا كان الشيخ الشنقيطي يتجنب الخوض في تفسير بعض الآيات،  وهو أمر يُثار حوله التساؤل إذ إنه لا يُتوقع ترك تفسير مثل هذه النصوص،  فضلاً عن اللغة.  حيث شغلت مساحة كبيرة بلغت ما يزيد على ألف وثلاثمائة صفحة،  أي ما يعادل ثلاثة مجلدات من أصل سبعة كُرست لهذه التفصيلات.  على سبيل المثال،  وأحكام الطلاق،  والصلاة، 3. **إحالة تفسير الآيات إلى مواطن أخرى**: اتبعت منهجية الشيخ في التفسير نهج الإحالة،  فعلى سبيل المثال،  ناقش الشيخ أحكام القصاص الواردة في سورة البقرة في تفسيره لسورة المائدة.  كذلك،  لم يتطرق إلى الحروف المقطعة عند أول ظهور لها في سورة البقرة وإنما ناقشها لاحقًا في سورة هود.  كما تناول تعبير "إلا ما قد سلف" عند شرحه لسورة الرحمن بدلًا من إيضاحه في سياق سورة النساء.