بدأت بحوث المحاصيل البستانيه  فى  السودان  بمحطة  ابحاث  الحديبه  بولاية  نهر  النيل  فى  منتصف  الستينات من القرن الماضى (عام 1965) وذلك لأهمية وتركيز الإنتاج البستانى فى تلك المنطقه وبدأت  تكتسب تلك المحاصيل أهمية كبيرة ساعدت فى  إنتشارها فى مناطق السودان المختلفة واصبحت هنالك  حاجة ملحة لتوفير التقانات اللازمه لإنتاجها  فى  البيئات  المختلفة.  ومن هذا المنطلق بدأ  تأسيس  أقسام  لبحوث البساتين فى المحطات المختلفة التابعه لهيئة البحوث الزراعية فانشأ قسم لأبحاث البساتين  بشمبات فى عام 1966 لخدمة منطقة الخرطوم والتى تعتبر اكبر المناطق إستهلاكاً  للخضر والفاكهة حيث تركزت  البحوث فى هذه المحطة على محاصيل الخضر خاصة  الطماطم،  تلى ذلك إنشاء  قسم  ابحاث  البساتين  بمحطة بحوث الجزيره  فى  عام 1967 وشملت  مجالات  البحوث الخضر والفاكهة والنباتات الطبيه والعطريه.  وفى عام 1972 تم  تأسيس محطة ابحاث بساتين  شندى التى ركزت فى برامجها البحثيه على البصل والبقوليات.  وفى عام 1976 بدأت البحوث فى  محطة سنار بتجارب  الموالح و برامج  تربية محاصيل  الخضر.  فى عام 1978 انشأت وحدة  لأبحاث  البساتين بكسلا  وقد  إهتمت  حينها للاهتمام ببحوث البصل وذلك  لخدمة  مصنع  تجفيف البصل بكسلا.  عند  قيام مشروع  الرهد الزراعى وتخصيص حيازات ثابته للمحاصيل  البستانيه  انشأت  وحدة لبحوث البساتين بمحطة ابحاث الرهد كما انشئ قسم ابحاث  البساتين  بمحطة  ابحاث  حلفا  الجديدة  فى  عام  1979.  الجدير بالذكر انه تم تنفيذ برامج بحثيه على محاصيل الخضر والفاكهة  بمنطقة  زالنجى  ونيرتتى  بجبل مره فى فترات مختلفه منذ الستينات  كما  ركزت  الهيئه على إنشأ مجمعات وراثيه لأشجار الحمضيات فى كلٍ من سوبا وسنار  وأبو نعامه،  كما  بدأ  مؤخراً  نشاط بحثى  على المحاصيل البستانيه  بكل من محطتى  بحوث  مروى  ونيالا .  وفي العام 2005م تم إنشاء مركز بحوث المحاصيل البستانية لاجراء الأنشطة البحثية في المحاصيل البستانية في مختلف المناطق البيئية في السودان.  رابعا شارك قسم البساتين بمدني في تنفيذ المشاريع الخاصة بمشروع المكافحة المتكاملة علي محاصيل الخضر في اجراء البحوث والارشاد والتدريب خاصة مدارس المزارعين بالنسبة للتقامات المجازة. ثانيا الرؤية:-
 تتمثل رؤية مركز المحاصيل البحثية البستانية في أن يصبح مركزًا بحثيًا تنافسيًا عالميًا من خلال تطوير القوى العاملة وإجراء أبحاث عالية الجودة لضمان انتاج التقانات التي تحقق رسالة واهداف المركز والتاكيد علي نشر وايصال التوصيات المجازة الي الجهات المستهدفة من مرشدين ومنتجين. ثالثا الرسالة:- 
 والاهتمام بجودة البحث العلمي من خلال فهم ومتابعة التطور التقني في هذا المجال من اجل تحسين سبل العيش المستدامة وتحقيق الأمن الغذائي. رابعا الأهداف الرئيسية:-
 3.	التعاون مع مراكز البحوث وبرامج البحوث الأخرى ذات الصلة لتحسين الإنتاج البستاني وحلول للمشاكل. 4.	التعاون مع الإرشاد والخدمات التعليمية والمنظمات والوكالات والمؤسسات الأخرى بما في ذلك المدارس والمؤسسات التقنية والجامعات، خامسا الإنـجـازات:--
 1.	محاصيل  الخضــر
  البطاطس  والبطيخ  وإنتشرت  هذه  الأصناف  وسط  المزارعين  لفترة  طويله  وما زالت تلعب دوراً  كبيراً  فى  زيادة  الإنتاجيه وتحسين الجوده .  أما  فى  محاصيل  البصل  والفلفل الحار ( الشطه) والباميه  فقد  وضح  تميز  الأصناف المحليه على المستجلبه  وتم  التركيز  عليها  والعمل على تحسينها وقد نتج عن ذلك إستنباط العديد من أصناف  البصل للصادر  والتصنيع  والإستهلاك  المحلى  وساهم  الصنف  الأبيض (حلو) فى حل مشكلة مصنع تجفيف البصل بكسلا واخيرا تمت اجازة صنف البصل بافطيم الذي اصبح يمثل اكثر من 90% من مساحة البصل في السودان لما يتمتع به من انتاجية عالية وجودة ممتازة.  إستنبطت  كذلك اصناف من الباميه والفاصوليا الخضراء ساعدت فى مد موسم  الإنتاج شتاءاً  كما  تمت  إجازة  أصناف  بطاطس  عاليه  الإنتاجيه  والنوعيه ايضا تمت اجازة خمس اصناف من الكركدي وتم كذلك تحسين معاملات مابعد الحصاد في الكركدي . غطت البحوث علي المحاصيل البستانية دراسه وتقييم العمليات الفلاحيه لتلك المحاصيل للمحاصيل والتى تشمل التسميد– الرى– الكثافة النباتيه والتقليم الخ .  ، ولقد تمت  إجازة  بعض  المعاملات  الفلاحيه  لعدد  من  محاصيل  الخضر  والفاكهة  الهامه.  كما  تصدت  البحوث  لمشاكل  الأمراض  والحشرات  بإستنباط  أصناف  مقاومه  لمرض  تجعد  الأوراق  الفيروسى  فى  الطماطم  وتمت  مسوحات  ودراسات  لبعض  مشاكل  الأمراض  والآفات  فى  الفاكهة  كالحشرة  القشريه  فى  نخيل  التمر  وذبابة  الفاكهة  فى  الحمضيات  والمانجو  والجوافه  والأمراض  والظواهر  الفسيولوجيه  فى  الحمضيات  والمانجو  وفى  مجال  مكافحة  الآفات  فقد  إستنبطت  أساليب  جديدة  للمكافحة  المتكاملة  للآفات  وفرت  بدائل  للإستخدام  الخاطئ  للمبيدات .