مشكلة البحث العلمي هي إشكالية في موضوع علم ما أو قضية تحتاج إلى بحث وتحليل واقتراح حلول،  ويسعى الباحث من خلال جمع البيانات وتحليلها إلى وصول إلى حل للمشكلة التي درسها،  ومشكلة البحث لا تكون دائمًا مشكلة أو قضية مستعصية أو فجوة، يمكن أن يحدد الباحث مشكلة دراسته من خلال مراجعة الدراسات السابقة حول السموم الفطرية التي أجريت في نفس موضوع بحثه,  فالاطلاع على الدراسات الـسابقة سيثير عند الباحث بعض التساؤلات التي تؤدي إلى تحديد مشكلة البحث. يمكن تحديد مشكلة البحث من خلال استكمال أعمال الباحثين الآخرين،  وهنا يأتي دور الباحثين الآخرين في استخلاص مشاكل أخرى في نفس الموضوع والبحث بها.