السبب الأكثر شُيُوعًا لنقص فيتامين B12 هو عدم كفاية الامتصاص.يمكن لما يلي أن يسبب عدم كفاية الامتصاص:فرط نمو الجراثيم في جزءٍ من الأمعاء الدقيقةضعف الامتصاص (اضطرابات سوء الامتصاص مثل الداء البطني "الزلاقي" أو بعض اضطرابات البنكرياس)جراحة السمنة لتخفيف الوزنالجراحة التي تستأصلُ جزءَ الأمعاء الدقيقة الذي يمتص فيتامين B12الأدوية مثل مضادَّات الحموضة والميتفورمين (االمُستَعمل في معالجة داء السُّكَّري)فقد العامل الداخلينقص حموضة المعدة (شائع بين كبار السن)قد يُفقدُ العاملُ الداخلي نتيجة وجود الأجسام المضادة الغير طبيعية التي يُنتجها جهاز المناعة المفرط النشاط، حيث تهاجم وتُخرِّب خلايا المعدة التي تنتج العامل الداخلي - تسمَّى ردَّة فعل المناعة الذاتية بالتهاب المعدة الضموري الحؤولي بالمناعة الذاتية autoimmune metaplastic atrophic gastritis .قد يُفقدُ العاملُ الداخلي أيضًا نتيجة الاستئصال الجراحي لجزء المعدة المسؤول عن إنتاجه.يُسببُ نقص فيتامين B12 الناجم عن فقد العامل الداخلي بفقر الدَّم الوبيل pernicious anemia.قد يكون الامتصاصُ غيرُ كافٍ عند كبار السنَّ نتيجة نقص حموضة المعدة؛لأنَّ نقصَ حموضة المعدة يُقِّلل من قدرة الجسم على نزع فيتامين B12 من البروتين الموجود في اللحوم.عدم كفاية التخزين