Il existe plusieurs molecules necessaires au bon fonctionnement du SI ; les cytokines, le complement, les recepteurs, les Ac, la proteine C reactive...Les cytokines sont utilisees en clinique (medecine) pour moduler et reequilibrer la RI. 

Types de cytokines 
les monokines produites par les monocytes et les macrophages ;
les lymphokines produites par des lymphocytes actives (cellules Th) ;
les interleukines produites par les leucocytes (globules blancs) ;
les chimiokines responsables de la migration des leucocytes.Elles sont secretees par les cellules immunitaires ainsi que par d'autres cellules lorsque celles-ci reagissent avec un Ag specifique, une endotoxine ou avec d'autres cytokines.Ces proteines permettent la communication entre les cellules immunitaires et autres cellules
Elles sont circulantes mais existent egalement s/f membranaire.