Endotoxines sont des toxines glucido-lipidique libérées par des bactéries uniquement lors de leur destruction.  Elles sont généralement sécrétées par des bactéries en développement sous l'action d'antibiotiques ou de la phagocytose.  Les endotoxines sont moins toxiques que d'autres types de toxines et nécessitent des doses plus élevées pour produire des effets comme la fièvre, la fatigue et la diarrhée.  Un exemple est la bactérie E. coli. Les endotoxines ont un faible pouvoir antigénique et vaccinant.