وثنائي الأبعاد الكهربائي للهلام ،  تقنية فصل البروتين و استخدامها للتحقق من نقاء العينات وتقدير الأوزان الحشية ,  SDS - PAGE ) يمكن استخدام البروتينات فقط .  ومع ذلك هناك تطور هائل هناك تطور هائل لافت للنظر في أدوات تحليلية البروتيوميات ،  والطيف الكتلي ( Mass spectrum ) الذي يمكنه تحديد البروتينات لين تحليلها إلى مكوناتها الأصلية .  الطيف الكتلي يمثل أداة تحليلية مفيدة لقياس الكتلة للشحنة الواحدة أو أكثر من الجزيئات الموجودة في العينة .  ويمكن استخدام الطيف الكتلي لتحديد بروتينات غير معروفة عن طريق تحديد الوزن الجزيئي ،  ما عند تفاعل البروتينات بعضها مع بعض فإن الأشعة السينية تملك القدرة على أن علم الأبعاد الثلاثة الهيكل العام للبروتين 3 - ( Dimension ) ،