يواجه تطبيق النظام المحاسبي المالي الجديد في الجزائر صعوبات منها:  حداثة النظام ونقص الخبرة،  قلة المراجع ودلائل التطبيق، ضعف التدريب، نقص البرمجيات،  ارتفاع تكلفة تدريب الكوادر من الخارج، نقص الكوادر المحاسبية المدربة، ضعف التدريب على التكنولوجيا، وقلة وعي المديرين بأهمية التطبيق الصحيح.