إن الجهود التي يبذلها المجلس الأعلى للبيئة في المحافظة على المياه من أهم الجهود البيئية وهي مُكمّلة لجهود العديد من المؤسسات العامة والخاصة،  ويختص مجلس الموارد المائية برسم السياسة المائية للبلاد على ضوء نتائج الدراسات والمسوحات المائية،  وتنسيق العمل مع الجهات ذات العلاقة باستغلال المياه وضبط جهود هذا الاستغلال بحيث تكمل بعضها،  وتنظيم حفر الآبار والإخطار عنها وغير ذلك من المسائل المتعلقة بالآبار ويشمل ذلك منع حفر الآبار في طبقات معينة أو مناطق معينة، تحديد المقاييس العامة لحماية البيئة ومقاييس بيئية لجودة الهواء والماء، تنفيذ القرار الوزاري المتعلق بإلزامية تطبيق نظام التمديدات المائية الداخلية في مملكة البحرين الصادر في العام 2004، التوسع في استعمال مياه الصرف الصحي المعالجة للري في القطاع الزراعي. تدشين العديد من الحملات والبرامج الإعلامية والتوعوية بترشيد استهلاك المياه. تم إعداد خطة مكافحة الانسكابات النفطية واعتمادها من قبل مجلس الوزراء في 2011.  كما تم تجهيز المركز الوطني لقيادة عمليات مكافحة الانسكابات النفطية في البيئة البحرية من أجل توفير استجابة فورية لحوادث الانسكابات النفطية.