علاج خلل الكروموسومات بعد الحديث عن أنواع هذه الاضطرابات فإنّه من المهمّ الحديث عن خلل الكروموسومات وعلاجه، وبشكلٍ عام فإنّه في حال تم تشخيص الطفل بوجود خللٍ أو مشكلةٍ في الكروموسومات فإنّه يتم التوصية من قبل الطبيب المختص بعمل فحصٍ جينيّ لل DNA لباقي أفراد العائلة لمعرفة احتماليّة إصابة أحد الأطفال الآخرين بذلك، وفي معظم الحالات فإنّه لا يوجد علاجٌ قطعيّ وجذريّ لخلل الكروموسومات، إلا أنّه من الممكن اتّخاذ مجموعةٍ من الإجراءات العلاجيّة للتقليل من الآثار الصحية الناتجة عن وجود هذا الخلل، ومن أهم الطرق المتّبعة للسيطرة على خلل الكروموسومات وعلاجه ما يأتي:[٤]