صالة أبو بكر للعقيدة الإسلامية: خصصت هذه الصالة للتعريف بمبادئ الإسلام والقرآن الكريم. يتم عرض أركان الإسلام الخمسة التي هي أساس العقيدة الإسلامية، والتعريف بشعائر الحج والعمرة من خلال عرض مميز يتضمن مجسم للكعبة وقطع من أجزاء كسوة الكعبة المشرفة، ومخطوطات نادرة من المصاحف والتفاسير . كما يتضمن المعرض نماذج مجسمات و صور لمساجد من مختلف أنحاء العالم الإسلامي و أوروبا. صالة ابن الهيثم للعلوم والتكنولوجيا: تُعرض هنا إنجازات علماء المسلمين وإسهاماتهم العظيمة في الحضارة الإنسانية، وذلك من خلال نماذج المجسمات والصور والمعلومات الشيقة عن أهم الاكتشافات والاختراعات والنظريات التي وضعها علماء المسلمين في الفلك، والملاحة البحرية والهندسة وغيرها.الصالة 1: تعرض في هذه الصالة الأعمال الفنية والمشغولات المصنوعة من الخزف والمعادن والزجاج وغيرها من الفنون التي تم إنتاجها في العالم الإسلامي بين القرنين الأول - السابع الهجري (7-13م). حيث شهدت المنطقة في تلك الفترة توسعًا وامتدادًا للحضارة الإسلامية، وتأثر الفن الإسلامي بالأساليب الفنية من الحضارتين الإغريقية والفارسية التي اكتسبت نمطها المميز وعكست روح العقيدة الإسلامية. و ينعكس هذا من خلال المقتنيات الفريدة المعروضة في هذه الصالة والتي تعبر عن النمط الفني الإسلامي المميز ، ومن خلال الفنون والزخارف التي ابتدعها المسلمون من أشكال نباتية وهندسية، إضافةَ إلى فنون الخط وغيرها.الصالة 2: تعرض هذه الصالة قطعاً فنية إسلامية بديعة من القرن السابع الهجري (12م) وحتى القرن الثالث عشر الهجري (19م)، وهي قطع "معدنية وخزفية مملوكية وصفوية وعثمانية ". وتتبع القطع المعروضة الفترة التي تلت اجتياح المغول للأراضي الإسلامية الشرقية،  حيث طرأت في تلك الفترة تغيرات جذرية غيرت خريطة العالم الإسلامي، و تنافست الدولة العثمانية في تركيا مع الصفوية في بلاد  فارس والهندية المغولية على السيادة السياسية مما أثر بشكل إيجابي على ازدهار الفنون والثقافة.وهذا الازدهار في الفنون و الثقافة تماشى مع نمو التبادل التجاري و الاقتصادي في الشرق والغرب وبين المسلمين والمسيحين والهندوس وانعكس على الأساليب الفنية والمواد المستخدمة في التشكيلات والمقتنيات المتفردة المعروضة في الصالة. الصالة 3 و 4: خُصصت هاتين الصالتين للمشغولات الحرفية وعرض الأسلحة التي كانت مستخدمة خلال القرنين الثالث عشر و الرابع عشر الهجري (19و20 م). في هذه الفترة ازدهرت مناطق العالم الإسلامي اقتصاديًا وازداد الاهتمام الأوروبي بها، مما أدى إلى تعزيز التبادل الفني والثقافي بين الدول الأوروبية والعالم الإسلامي. وتمثل المعروضات هنا النتاج الحضاري للثقافتين الشرقية والغربية. صالة المجرة للمعارض المؤقتة: يستقبل المتحف في هذه الصالة معارض مؤقتة محلية وعالمية متنوعة. خزانات عرض المسكوكات: يضم المتحف خزانات عرض مميزة للمسكوكات الإسلامية على طول ممراته، ليتعرف الزائر على تاريخ العملة الإسلامية ونشأتها و يخوض تجربة الاقتراب من العملات و التعرف على عراقة التاريخ الإسلامي و اتساع رقعته.