عندما تسلم مقاليد الحكم في إمارة أبوظبي بعد اجتماع كبار و أعيان قبيلة بني ياس واختياره لخلافة الشيخ سعيد بن طحنون بعد مغادرة الأخير أبوظبي.  قام الشيخ سعيد بن طحنون بمهاجمة أبوظبي ونجح في الإستيلاء عليها بعد مساعدة من شيخ القواسم الشيخ سلطان بن صقر القاسمي وعندما وصل الشيخ زايد بن خليفة إلى قلعة المقطع بعد غياب عن العاصمة وقام بمحاصرة القلعة على مشارف أبوظبي وواجه قوات الشيخ سعيد بن طحنون وتمكن الشيخ زايد بن خليفة من إلحاق الهزيمة بقوات الشيخ سعيد بن طحنون وراح ضحية هذه المعركة الشيخ سعيد بن طحنون وشقيقه الشيخ حمدان بن طحنون.