وهناك الكثير من المعوقات التي تعترض طريق مديري المدارس تحول دون اصدار قرارات حكيمة في المدارس،  وقد يكون هناك تدخلات من أعضاء هيئة التدريس حسب ميولهم واختلافهم للضغط على مدير المدرسة،  دون مراعاة مصلحة وظروف المدرسة،  كما أن هناك معوقات تتعلق  بأولياء الأمور وقلة الدعم المعنوي للمدير مما يشكل عائقا امام تقدمه،  وتشكل العلاقات بالسلطة التعليمية المشرفة(وزارة التربية ومكتب التربية) معوقا امام العمل في الإدارة المدرسية،  ونقص الهيئة التدريسية بداية العام،  كما ظهرت معوقات مرتبطة بالطلبة وسلوكياتهم اليومية وعلاقتهم وانتمائهم للمدرسة،