يجب أن يحقق النظام التأديبي، بالإضافة للانضباط، حماية حقوق الموظف من التعسف عبر منحه فرصة للدفاع عن نفسه، واستناد القرارات التأديبية لتحقيق نزيه وشفاف، مما يعزز الثقة بالنظام والإدارة.  كما يهدف النظام لردع المخالفات عبر فرض عقوبات، و توعية الموظفين بعواقب أفعالهم، مما يقلل من تكرارها ويُحسّن الأداء الوظيفي بتصحيح السلوكيات الخاطئة وتعزيز العمل الجاد.  قانونياً، يستند النظام على مبادئ وممارسات منظمة لسلوك الموظفين، أهمها مبدأ المشروعية، حيث يجب أن تكون الإجراءات التأديبية مستندة لقوانين ولوائح محددة، وعدم فرض عقوبات إلا بناءً على مخالفة فعلية.