قد مرت منارة الإسكندرية بمراحل دمار عدة، نذكر منها :۸] بقيت المنارة تؤدي وظيفتها حتى الفتح العربي في عام 641 م وفي سنة 673هـ زار بيبرسالإسكندرية للمرة الرابعة وكان أعلى المنارة قد تهدم وكان قد تصدع بناؤها فأمر بترميمها وتجديدها، كما أقام مسجداً بأعلاها. وكانسبب سقوطه هجوم أحد رجال الأباطرة آنذاك . . . في حوالي عام 1100 هـ حلت بها كارثةعلى المنارة. ثم كتب السلطان إلى والي الإسكندرية يأمره بترميم مافي عام 880 هـ قام ابن طولون بترميم المنارةحيث أنشأ قبة خشبية في أعلاها. رحمت كذلك في عام 980 هـ حيث تمت زيادة بعض الإضافات للجزء المثمن ولكنها أيضاً لمتستطع أن تقاوم.المربع الشكل، ثم أصبح هذا الطابق بمثابةنقطة مراقبة وتم تشييد مسجد فوق هذا . ولاحقاً لكل تلك الأحداث التي ساهمت في تدمير المنارة، أتى الزلزال الذي حدث في القرن الرابع عشر وأدى إلى سقوط الأحجار المختلفة عن المنارة، كما تأثرت باقي أجزاء المنارة أيضاً. . في عام 1480 م أقام السلطان "أبو النصر قايتباي" قلعة جديدة في المكان الذي كانت تقوم فيه المنارة القديمة، وفي ذلك الوقت كانت قد تهدمت كلياً وكانت القلعة التي أقامها قايتباي على أساس المنارة ليست إلا برجاً ضخماً أتم بناءه في سنين حكمه وما زالت حتى اليوم تحتفظ بشكل قاعدة المنارة المربعة وتحرس مدخلي الميناءين الشرقي والغربي). . وبذلك تكون منارة الإسكندرية قد اختفت ولم يبق للعالم إلا صورة مصغرة منها وجدتالطابق.