فيما بعد جاء يوسف ابن تاشفين بقوات المرابطين إلى الأندلس وقرر القضاء على ملوك الطوائف وضم الأندلس لدولة المرابطين وقرر بن تاشفين أسر المعتمد ابن عباد في مدينة أغمات الواقعة بالقرب من مراكش في المغرب الأقصى، عاد ابن حمديس إلى صقلية بإلحاح من أهله كما أنهم أصروا أيضًا أن يركب البحر الذي يكرهه ابن حمديس وفي طريق العودة غرقت السفينة وماتت جاريته جوهرة ولكنه نجا من هذه الحادثة ليقرر بعدها الهجرة إلى القيروان ويبدأ حياته من جديد بعد أن خسر جميع أمواله في رحلته الأخيرة وفي أسفاره المتكررة من الأندلس للمغرب. وفي القيروان مدح أبا طاهر يحيى بن تميم الصنهاجي وابنه علي ثم ابنه الحسن،  وفي أعوامه الأخيرة فقد ابن حمديس بصره وتوفي في جزيرة ميورقة عن نحو يناهز ثمانين عامًا ودُفن بجوار صديقه الشاعر ابن اللبانة.  يمكننا تذكر ما قاله ابن خلدون في مقدمته بأن الحاكم يكون أشد حاجة للسيف في مرحلة نشأة الدولة واضمحلالها وما بينهما يستغني صاحب الدولة عن السيف ليكون القلم هو المعين والقادر على إرساء دعائم الاستقرار وإثراء الحياة العلمية والثقافية،