لخّصلي

1-8- Taxonomie numerique La taxinomie numerique ou taxometrie ou taxonomie adansonienne (du nom d'ADANSON son auteur) est une approche quantitative rendue possible grace a la puissance des ordinateurs car elle implique un volume de calcul considerable.mais en general, on estime qu'au-dela de 80% de similitude des phenons peuvent etre assimiles a une meme especeLa quantification binaire (0 ou 1, c'est-a-dire absence ou presence) des similitudes et des differences permet alors de caracteriser les taxons par un coefficient de similitude, calcule de diverses manieres, selon le choix des caracteres selectionnes et le codage et le traitement appliques aux donnees recueillies.Parmi les indices les plus couramment utilises, il y a l'indice de Jaccard Sneath donne par la relation suivante : SAB = nS+ /nS+ + nd SAB : coefficient de similitude entre la souche A et la souche B nS+ : nombre de caractere similaires nd : nombre de caracteres differents pour donner une valeur significative a l'etude.En pratique, ce nombre se situe entre 30 et 300 caracteres qui peuvent etre de diverses natures : parametres genomiques, caracteres phenetiques classiques (morphologie, physiologie, structure, metabolisme), composants chimiques (peptidoglycane, LPS...).C'est un dendrogramme ou les organismes ayant la plus grande similitude sont groupes en ensembles appeles phenons.

1-8- Taxonomie numérique
La taxinomie numérique ou taxométrie ou taxonomie adansonienne (du nom
d’ADANSON son auteur) est une approche quantitative rendue possible grâce à la puissance
des ordinateurs car elle implique un volume de calcul considérable. Elle est basée sur la
comparaison de caractères de différentes natures : morphologiques, physiologique, génétiques
appartenant à des souches prises deux à deux.
Les caractères retenus sont considérés d’égale valeur et sont quantifiés
numériquement, de manière à établir des distances taxonomiques qui traduisent à la fois la
similarité (ressemblance) et les rapports d’ascendance évolutive (parenté, filiation) entre les
organismes confrontés. La quantification binaire (0 ou 1, c'est-à-dire absence ou présence) des
similitudes et des différences permet alors de caractériser les taxons par un coefficient de
similitude, calculé de diverses manières, selon le choix des caractères sélectionnés et le
codage et le traitement appliqués aux données recueillies.Parmi les indices les plus couramment utilisés, il y a l’indice de Jaccard Sneath donné
par la relation suivante :
SAB = nS+ /nS+ + nd
SAB : coefficient de similitude entre la souche A et la souche B
nS+ : nombre de caractère similaires
nd : nombre de caractères différents pour donner une valeur significative à l’étude.
La taxonomie numérique implique le choix de caractères taxonomiques indépendants
les uns des autres et non hiérarchisés, ainsi que la standardisation rigoureuse de la méthode.
Le nombre de caractère retenus doit être significatif.
En pratique, ce nombre se situe entre 30 et 300 caractères qui peuvent être de diverses
natures : paramètres génomiques, caractères phénétiques classiques (morphologie,
physiologie, structure, métabolisme), composants chimiques (peptidoglycane, LPS…).
Les résultats de l’analyse taxonomique numérique sont souvent exprimés sous la
forme d’un diagramme ramifié analogue à un arbre. C’est un dendrogramme ou les
organismes ayant la plus grande similitude sont groupés en ensembles appelés phénons. La
signification taxonomique de ces phénons est cependant controversée, surtout au niveau du
pourcentage de similitude à partir duquel un phénon peut être considéré comme espèce, un
genre… mais en général, on estime qu’au-delà de 80% de similitude des phénons peuvent
être assimilés à une même espèce