تلوث المياه بالمنظفات، خاصةً سالبة التأين كالصابون والتايد، مصدره الرئيسي المخلفات المنزلية والصناعية.  أظهرت دراسة أمريكية تلوث ٤٠٪ من الآبار الارتوازية بمواد تنظيف.  كما تتلوث المياه بمُستهلكات الأكسجين، وهي مواد عضوية تُحللها البكتيريا الهوائية، مُستهلكة الأكسجين الذائب، مما يؤدي إلى نفوق الكائنات المائية.  في حال نُقص الأكسجين، تنشط البكتيريا اللاهوائية مُنتجةً مواداً ملوثة كالأمونيا، كبريتيد الهيدروجين، وغاز الميثان.  تُعتبر المخلفات العضوية والأمونيا من أهم مسببات استهلاك الأكسجين، مُسببةً تلوثاً إضافياً.  يُحافظ توازن الأكسجين في المياه عبر التهوية، التمثيل الضوئي، وعمليات الأكسدة.