العقوبات التي نص عليها النظام هي الغرامة التي لا تتجاوز 500, وتوقع على كل شركة مملوكة لشخص واحد، بالمخالفة لضوابط اللائحة، كما توقع على كل مدير أو عضو مجلس إدارة، نتيجة إخلاله بشروط تأسيس الشركات المهنية، أو إخلاله بالضوابط المنظمة لنشاط الشركات المهنية، أو إخلاله بالقواعد العامة لآلية إدارة الشركات المهنية، على كل شخص شارك أو ساهم في أكثر من شركة مهنية تمارس المهنة الحرة نفسها، وعلى كل مدير أو عضو مجلس إدارة قام بحل الشركة قبل المدة المحددة لانقضائها، وعلى كل شركة أخلت بأحكام النظام، وكل شركة مارست مهنة حرة دون الحصول على تغطية تأمينية على الأخطاء المهنية، وذلك في حال صدور قرار من الوزير بإلزامها بالحصول على تلك التغطية، وتوقع تلك العقوبة أيضا على كل شخص مارس المهنة الحرة عن طريق آخر غير طريق الشركة المهنية، وأخيرا توقع العقوبة على كل مدير أو عضو مجلس إدارة أو شريك وحيد في شركة مهنية، في حال ممارستها مهنة حرة دون أن يكون من بين شركائها أو مساهميها من هو مرخص له بممارسة المهنة.