يتألف نظام التعليم العالي في المغرب من ثلاثة قطاعات أساسية: الجامعات الحكومية، المؤسسات والجامعات العاملة ضمن شراكة بين القطاعين العام والخاص، والجامعات والمؤسسات الخاصة.

تخضع الجامعات الحكومية لإشراف وزارة التعليم العالي والبحث العلمي والابتكار (MESRI)، ويصل عددها إلى 13 جامعة. من الأمثلة البارزة جامعة القاضي عياض بمراكش، التي تأسست عام 1978 وتعتبر من المؤسسات الأكاديمية الرائدة في البلاد. تشمل قائمة الجامعات الحكومية ما يلي: جامعة محمد الخامس بالرباط (UM5R) تأسست 1957، جامعة سيدي محمد بن عبد الله بفاس (USMBA) تأسست 1975، جامعة الحسن الثاني بالدار البيضاء (UH2C) تأسست 1975، جامعة القاضي عياض بمراكش (UCA) تأسست 1978، جامعة محمد الأول بوجدة (UMP) تأسست 1978، جامعة شعيب الدكالي بالجديدة (UCD) تأسست 1985، جامعة ابن زهر بأكادير (UIZ) تأسست 1989، جامعة مولاي إسماعيل بمكناس (UMI) تأسست 1989، جامعة عبد المالك السعدي بتطوان (UAE) تأسست 1989، جامعة ابن طفيل بالقنيطرة (UIT) تأسست 1989، جامعة الحسن الأول بسطات (UHP) تأسست 1997، وجامعة السلطان مولاي سليمان ببني ملال (USMS) تأسست 2007.

أما قطاع التعليم العالي ضمن الشراكة بين القطاعين العام والخاص، فيضم مؤسسات وجامعات غير ربحية، تأسست بهدف رئيسي هو تدويل التعليم العالي في المغرب. تخضع هذه المؤسسات كذلك للإشراف البيداغوجي لوزارة التعليم العالي. ومن الأمثلة البارزة في هذا القطاع: جامعة الأخوين بإفران، الجامعة الدولية بالرباط (UIR)، الجامعة الأورومتوسطية بفاس (UEMF)، جامعة محمد السادس متعددة التخصصات (UM6P)، والجامعة الدولية بأكادير (Universiapolis). تساهم هذه المؤسسات بفعالية في تعزيز البعد الدولي للتعليم العالي المغربي، مع التزامها بالمعايير الأكاديمية والبيداغوجية الصادرة عن الوزارة.

أخيرًا، يشمل التعليم العالي الخاص جامعات ومؤسسات تُنشأ بمبادرات فردية أو خاصة، ولكنها تخضع للإشراف البيداغوجي لوزارة التعليم العالي أيضًا. ويُشترط للحصول على الاعتراف الحكومي أن تكون التخصصات التي تقدمها معتمدة من الدولة. من أبرز الأمثلة على المؤسسات الخاصة الموجودة في مدينة مراكش: الجامعة الخاصة بمراكش (UPM)، المدرسة المغربية لعلوم المهندس (EMSI)، المعهد العالي للهندسة التطبيقية (ISGA)، المعهد العالي للدراسات الإدارية (HEM)، المدرسة العليا للتجارة والتسيير (ESG)، المعهد العالي للعلوم الطبية والتسيير (ISSPM)، و Sup de Co Marrakech.