وعندما بلغ الثمانين من العمر مرض ستة أيام مرضًا شديدًا وحاول الأطباء أن يعالجوه بالخمر وهو يقاسي عذاب المرض قائلًا: «لا ألقى الله وفي جوفي شيءٌ من الخمر. » ولم يطل به المرض فقد توفيَ في فجر يوم الجمعة الموافق (21 ذي القعدة 687 هـ / 17 ديسمبر 1288م)،  وقد أوقف داره وكتبه وكل ما له على المستشفى المنصوري في القاهرة قائلًا: «إن شموع العلم يجب أن تضيء بعد وفاتي».  ويوجد مسجد في مدينة الرحمانية بمحافظة البحيرة ينسب إليه،