على الرغم من أن الهيئة الاتحادية للهوية والجنسية والجمارك وأمن المنافذ هي الجهة المسؤولة عن أمن المنافذ في جميع أنحاء الإمارات،  فإن طبيعة العمل اليومية والمهام قد تختلف بين ميناء خليفة وميناء الفجيرة بسبب الاختلاف في الأنشطة الاقتصادية ونوع البضائع التي يتم التعامل معها في كل ميناء
  ​ميناء خليفة (أبوظبي)
 ​يُعرف ميناء خليفة بأنه أحد أكبر الموانئ البحرية وأكثرها تطورًا في المنطقة.  يختص الميناء بالبضائع السائبة الجافة مثل الحبوب والمعادن.  والتأكد من سلامة المركبات المستوردة،  يتطلب ذلك خبرة في التعامل مع التقنيات الحديثة المستخدمة   في عمليات الشحن اللوجستية الضخمة. ميناء الفجيرة (الفجيرة)
  خاصة فيما يتعلق بالنفط والغاز.  وأحد أهم موانئ تصدير واستيراد البضائع السائبة الرطبة (النفط ومشتقاته).  ولكنه يبرز بشكل خاص في مجال الطاقة. ​باختصار،  يكمن الفرق الرئيسي في طبيعة البضائع التي يتم التعامل معها في كل ميناء.  فبينما يختص ميناء خليفة بشكل أساسي بالبضائع الجافة والحاويات،